El grupo aéreo del Lexington regresó unos 20 minutos más tarde, pero se vio atrapado en cubierta después de que una enorme explosión sacudiese el portaaviones a las 12.47. Dada la situación incierta del Lexington, las grandes pérdidas sufridas por el grupo aéreo del Yorktown (especialmente en cazas) y la creciente preocupación por las reservas de combustible de la TF 17 desde la pérdida del Neosho, Fletcher propuso a las 13.15 que la TF 17 se retirase hacia el sur. Fitch estuvo de acuerdo y con ello se puso fin a la batalla. Aunque ésta había terminado, el coste para los norteamericanos estaba a punto de aumentar de forma drástica.
El torpedo que impactó en la amura de babor causó la aparición de grietas en los tanques de gasolina de aviación de babor del Lexington que permitieron el escape de gases. Estos vapores llegaron a los dinamotores de la sala de comunicaciones interna a las 12.47 y provocaron una gran deflagración y devastadores incendios en la parte delantera del buque. Los equipos de control de daños no pudieron controlar los incendios y se produjeron nuevas explosiones masivas a las 14.42 y a las 15.25. El capitán del navío decidió su abandono a las 17.07, antes de que la oscuridad dificultase el rescate de la tripulación. El Lexington fue torpedeado con posterioridad por destructores y se hundió finalmente a las 19.52.
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LA CARTA PERDIDA DE MIDWAY: Una carta manuscrita perdida, encontrada literalmente en un cofre de marinero, añade la última pieza que faltaba al rompecabezas de los momentos más decisivos de la batalla de Midway.
